जिला विज्ञान केंद्र में हाई डेफ़िनेशन प्रोजेक्शन सिस्टम और डॉल्बी डिजिटल साउंड के साथ 3डी थिएटर की अनूठी सुविधा है। इस थिएटर में प्रतिदिन आने वाले दर्शकों के लिए रोमांचक 3-डी फ़िल्म शो आयोजित किए जाते हैं। आगंतुक रोमांचकारी 3-डी प्रभाव और दुनिया से बाहर का अनुभव देख सकते हैं जिसमें लगभग यथार्थवादी वस्तुएँ उनकी आँखों के सामने स्क्रीन से बाहर आती हुई प्रतीत होती हैं। वर्तमान में “गैलापोगास” नामक फ़िल्म दिखाई जाती है और प्रतिदिन 4 शो आयोजित किए जाते हैं।